Avføringens pH er normalt nøytral eller svakt alkalisk (6,8 - 7,5). Mer sure avføring, kun fysiologisk hos nyfødte, kan indikere tarminfeksjoner (Escherichia coli, Rotavirus) eller fordøyelsesforstyrrelser, for eksempel laktose eller fettintoleranse (steatoré på grunn av bukspyttkjertelinsuffisiens eller galde -stasis).
Avføringens pH påvirkes av fagets kostvaner; for eksempel dietter som er overdrevent rike på kjøtt og meieriprodukter, gjør avføringen mer alkalisk. Den forrådnende tarmbakteriefloraen ødelegger faktisk aminosyrene som har sluppet unna absorpsjonen, og genererer giftige og illeluktende aminer; følgelig har avføringens pH en tendens til å øke som følge av økt produksjon av ammoniakk. Det er derfor ikke tilfeldig at en fekal pH som er for alkalisk, ledsaget av en reduksjon i kortkjedede fettsyrer (se butyrat), har vært knyttet til økt risiko for tykktarmskreft.
Hvis avføringens pH har en tendens til å øke i nærvær av putrefaktiv dysbiose, har den en tendens til å synke i nærvær av fermentativ dysbiose, hvis årsaker er å finne i overdreven inntak av karbohydrater eller ved dårlig absorpsjon av samme ( cøliaki). Selv i nærvær av et "rikelig lipidinntak, i vegetariske dietter og ved langvarig faste, blir avføringens pH surt.
For å unngå forvrengning av testresultatene, må avføringen ikke være forurenset med urin og må raskt avkjøles for å forhindre at urin ammoniakk og putrefaktive bakterier gjør pH i avføringen alkalisk.